Von den etwa 220.000 Juden, die vor dem Einmarsch der deutschen Wehrmacht im Jahr 1941 in Litauen lebten, erlebten nur rund 32.000 das Ende des Krieges. Noch bevor die Wehrmacht tatsächlich in Litauen ankam, begannen bereits die ersten Verfolgungen und Morde an der jüdischen Bevölkerung im Land.

Am 15. August 1941 wurde ein Ghetto in Kaunas errichtet. Um die 20.000 Juden wurden in einen ausgewiesenen Teil der Stadt umgesiedelt. Im Oktober führte die SS eine Selektion durch: Mehr als 9.000 Juden wurden in das IX. Fort gebracht und dort ermordet. Bis Ende des Jahres waren alle im Land verbliebenen Juden auf Arbeitslager oder Ghettos verteilt.

1943 wurden die Ghettos in Kaunas und Siauliai in KZs umgewandelt. In nur wenigen Monaten ermordeten die Nationalsozialisten im Konzentrationslager Kauen (deutsche Bezeichnung für Kaunas) 1.200 Säuglinge, Kinder und Alte. Ende des Jahres zählte das KZ noch etwa 8.000 jüdische Gefangene.

Bevor die Rote Armee die Konzentrationslager erreichte, ermordeten SS-Angehörige im Frühjahr 1944 mehrere tausend Jungen und Mädchen. Im Juli wurden die beiden verbliebenen KZs aufgelöst. Die SS deportierte die jüdischen Gefangenen nach Auschwitz-Birkenau oder in das KZ Stutthof, wo sie selektiert wurden. Wer als arbeitsfähig galt, wurde zur Zwangsarbeit weiter ins Deutsche Reich verbracht unter anderem in den KZ-Außenlagerkomplex Landsberg/Kaufering. Wer als arbeitsunfähig galt, wurde ermordet.